В базе представлены белковые и нуклеотидные последовательности трансмембранных ионных каналов с различными открывающими-закрывающими лигандами (всего три суперсемейства). Есть возможность производить выравнивание, представлены некоторые филогенетические исследования суперсемейств. Для некоторых белков представлены трехмерные структуры субъединиц или частей субъединиц (их нет в банке PDB). Повторы в базе сведены к минимуму - одна запись на ген.
Автор - Nicolas Le Novère (при участии Catherine Letondal), институт Пастера, Франция. Сейчас поддерживается в Европейском Биоинформатическом институте Nicolas Le Novère and Marco Donizelli.
Люди, представившие последователиности, структуры или accession numbers базы данных: Howard Baylis, Igor Baskin, Alain Bessis, Thon De Boer, Thomas Boyd, Raphael Courjanet, Steve Ennion, Michael Hollmann, Michaela Jansen, Benoît Lacombe, Pierre Paoletti, David Reeves, Wladimir Saudek, Ralf Schoepfer, Pim van Nierop.
Другие помошники (советами, комментариями и т. д.): Mikael Andersson, Jim Boulter, Robert Choy, Alban de Kerchove D'Exaerde, Anne Devillers-Thiéry, Aymeric Duclert, Sebastien Dutertre, Ronald Lukas, Alexandre Mourot, Richard Olsen, Yoav Paas, Mike White, Hongjie Yang.
База данных достаточно надежна - каждая запись была вручную сделана и проверена исследователем. По существу база очень мала (в данный момент в ней содержится 526 записей).
Главная страница оформлена достаточно скромно. Она служит отправной точкой к разделам базы данных, также на ней представлена практически вся информация о базе. В принципе все достаточно удобно, оформление похоже на таковое других разделов EBI. Для работы вполне годится, однако рядовому пользователю вряд ли понравится, из-за низкого качества графики, обилия текста и других ссылок.
База позволяет проводить поиск по последовательности (поиск выполняется программой FASTA), либо по ключевым словам (используются Xindice и организации Apache Software Foundation).
Предусмотрен поиск по белковой или нуклеотидной последовательности в любом формате.
Последовательность можно ввести вручную либо загрузить из файла, что удобно. Можна варьировать опции программы, производящей поиск по выравниванию. Результатом поиска является отчет по выравниванию, список совпадений и ниже выравнивания (очень похоже на BLAST).
Поиск можно проводить по одному или нескольким полям. Вс силу малого объема базы достаточно трудно найти что либо по ключевым словам, если не знаешь, что именно искать.
После поиска выдается таблица результатов. Можно отметить некоторые записи и сохранить их или сделать выравнивание.
В записи содержится информация о белке (организм, AC, ген, ссылка на публикации), белковая и нуклеотидная последовательности, в некоторых записях - информация о трехмерной структуре (с возможностью скачать PDB файл или посмотреть структуру с использованием Jmol) и о филогении.
Помимо поиска есть ссылки на страницы с описанием каждого суперсемейства, на которых можно посмотреть список входящих в них записей и ссылки на публикации.
Впечатление сложилось хорошее, однако до баз типа SRS или PDB далеко. Делалась база явно не знатоком веб-дизайна и не для широкого пользователя. Неприятные ощущения доставило то, что мало что можно найти и приходится по многу раз повторять поиск, хотя этого и следовало ожидать, т. к. здесь содержатся только трансмембранные белки, а их не так много, тем более аннотированых. Удобно, что есть описание суперсемейств и ссылки на статьи, поиск по последовательности тоже хорошая идея. Порадовало то, что все записи проверены и им можно доверять. Визуализация в Jmol - тоже плюс.
На главную страницу четвертого семестра